Logica COVID-19 FHIR Profile Library IG
0.13.1 - ci-build

Logica COVID-19 FHIR Profile Library IG - Local Development build (v0.13.1). See the Directory of published versions

Lab Profiles

Lab Profiles

These profiles are based on LOINC codes specific to SARS CoV 2(the causitive agent of COVID-19) and a few others related to it. Many of them are in a pre-release state and are therefore subject to change. Their status will be updated on the normal release scheduled by Regenstrief.

For information about mapping COVID-19 laboratory test codes to a specific test, click here to download CDC’s up to date test mapping tool site supported by SHIELD.

LOINC/Profile table

LOINC Code Profile link
71776-9 Gamma interferon background [Units/volume] in Blood by Immunoassay
82163-7 Human coronavirus 229E RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
88891-7 Human coronavirus 229E+HKU1+OC43+NL63 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
82161-1 Human coronavirus HKU1 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
82162-9 Human coronavirus NL63 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
82164-5 Human coronavirus OC43 RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
80382-5 Influenza virus A Ag [Presence] in Nasopharynx by Rapid immunoassay
95942-9 Influenza virus A and B and SARS-CoV+SARS-CoV-2 (COVID-19) Ag panel - Upper respiratory specimen by Rapid immunoassay
95941-1 Influenza virus A and B and SARS-CoV-2 (COVID-19) and Respiratory syncytial virus RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
95380-2 Influenza virus A and B and SARS-CoV-2 (COVID-19) and SARS-related CoV RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
95423-0 Influenza virus A and B and SARS-CoV-2 (COVID-19) identified in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95422-2 Influenza virus A and B RNA and SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
92142-9 Influenza virus A RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
80383-3 Influenza virus B Ag [Presence] in Nasopharynx by Rapid immunoassay
92141-1 Influenza virus B RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
71774-4 Mitogen stimulated gamma interferon [Units/volume] corrected for background in Blood
71772-8 Mitogen stimulated gamma interferon [Units/volume] in Blood
92131-2 Respiratory syncytial virus RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95971-8 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon [Presence] in Blood
95974-2 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon panel - Blood
95972-6 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon release by T-cells [Units/volume] corrected for background in Blood
95973-4 SARS CoV-2 stimulated gamma interferon release by T-cells [Units/volume] in Blood
95209-3 SARS-CoV + SARS-Cov-2 (COVID19) Ag [Presence] in Respiratory specimen by Rapid immunoassay
94763-0 SARS-CoV-2 (COVID19) [Presence] in Unspecified specimen by Organism specific culture
94661-6 SARS-CoV-2 (COVID19) Ab [Interpretation] in Serum or Plasma
95825-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab [Presence] in DBS by Immunoassay
94762-2 SARS-CoV-2 (COVID19) Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94769-7 SARS-CoV-2 (COVID19) Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
96118-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) Ab panel - DBS by Immunoassay
94558-4 SARS-CoV-2 (COVID19) Ag [Presence] in Respiratory specimen by Rapid immunoassay
96119-3 SARS-CoV-2 (COVID-19) Ag [Presence] in Upper respiratory specimen by Immunoassay
96094-8 SARS-CoV-2 (COVID-19) and SARS-related CoV RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
94509-7 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94758-0 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94765-5 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94315-9 SARS-CoV-2 (COVID19) E gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
95125-1 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA + IgM [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94562-6 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94768-9 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA Ab [Presence] in Serum, Plasma, or Blood by Rapid imunoassay
95427-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgA Ab [Titer] in Serum or Plasma by Immunofluorescence
94720-0 SARS-CoV-2 (COVID19) IgA Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
94761-4 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG Ab [Presence] in DBS by Immunoassay
94563-4 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94507-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG Ab [Presence] in Serum, Plasma or Blood by Rapid immunoassay
95429-7 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG Ab [Titer] in Serum or Plasma by Immunofluorescence
94505-5 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
94504-8 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG and IgM panel - Serum or Plasma by Immunoassay
94503-0 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG and IgM panel - Serum or Plasma Qualitative by Rapid immunoassay
94547-7 SARS-CoV-2 (COVID19) IgG+IgM Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
95542-7 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgG+IgM Ab [Presence] in Serum, Plasma or Blood by Rapid immunoassay
95416-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM Ab [Presence] in DBS by Immunoassay
94564-2 SARS-CoV-2 (COVID19) IgM Ab [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
94508-9 SARS-CoV-2 (COVID19) IgM Ab [Presence] in Serum or Plasma by Rapid immunoassay
95428-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) IgM Ab [Titer] in Serum or Plasma by Immunofluorescence
94506-3 SARS-CoV-2 (COVID19) IgM Ab [Units/volume] in Serum or Plasma by Immunoassay
95521-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [#/volume] (viral load) in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94510-5 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94311-8 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N1
94312-6 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N2
95522-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Log #/volume] (viral load) in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94760-6 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Nasopharynx by NAA with probe detection
95409-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Presence] in Nose by NAA with probe detection
94533-7 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94757-2 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Respiratory specimen by Nucleaic acid amplification using CDC primer-probe set N2
94756-4 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Respiratory specimen by Nucleic acid amplification using CDC primer-probe set N1
95425-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
96448-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) N gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by Nucleic acid amplification using CDC primer-probe set N1
94766-3 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94316-7 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94307-6 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N1
94308-4 SARS-CoV-2 (COVID19) N gene [Presence] in Unspecified specimen by Nucleic acid amplification using primer-probe set N2
95411-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) neutralizing antibody [Presence] in Serum by pVNT
95410-7 SARS-CoV-2 (COVID-19) neutralizing antibody [Titer] in Serum by pVNT
94644-2 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Cycle Threshold #] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94511-3 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94559-2 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95824-9 SARS-CoV-2 (COVID-19) ORF1ab region [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
94639-2 SARS-CoV-2 (COVID19) ORF1ab region [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94646-7 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Cycle Threshold #] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94645-9 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96120-1 SARS-CoV-2 (COVID-19) RdRp gene [Presence] in Lower respiratory specimen by NAA with probe detection
94534-5 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
96091-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) RdRp gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
94314-2 SARS-CoV-2 (COVID19) RdRp gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96123-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) RdRp gene [Presence] in Upper respiratory specimen by NAA with probe detection
94745-7 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Cycle Threshold#] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94746-5 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Cycle Threshold#] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94819-0 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Log#/volume] (viral load) in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94565-9 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with non-probe detection
94759-8 Sars-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Nasopharynx by NAA with probe detection
95406-5 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA [Presence] in Nose by NAA with probe detection
95608-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with non-probe detection
94500-6 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95424-8 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA [Presence] in Respiratory specimen by Sequencing
94845-5 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe
94822-4 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Saliva (oral fluid) by Sequencing
94660-8 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94309-2 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94531-1 SARS-CoV-2 (COVID19) RNA panel - Respiratory specimen by NAA with probe detection
95826-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) RNA panel - Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
94306-8 SARS-Cov-2 (COVID19) RNA panel - Unspecified specimen by NAA with probe detection
94642-6 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Cycle Threshold #] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94643-4 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94640-0 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
95609-4 SARS-CoV-2 (COVID-19) S gene [Presence] in Respiratory specimen by Sequencing
94767-1 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection
94641-8 SARS-CoV-2 (COVID19) S gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96603-6 SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD neutralizing antibody [Presence] in Serum or Plasma by Immunoassay
95970-0 SARS-CoV-2 (COVID-19) specific TCRB gene rearrangements [Presence] in Blood by Sequencing
94764-8 SARS-coV-2 (COVID19) whole genome [Nucleiotide sequence] in Isolate by Sequencing
94313-4 SARS-like coronavirus N gene [Cycle Threshold #] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94310-0 SARS-like coronavirus N gene [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
96121-9 SARS-related coronavirus E gene [Presence] in Lower respiratory specimen by NAA with probe detection
95823-1 SARS-related coronavirus E gene [Presence] in Saliva (oral fluid) by NAA with probe detection
96122-7 SARS-related coronavirus E gene [Presence] in Upper respiratory specimen by NAA with probe detection
94502-2 SARS-related coronavirus RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection
94647-5 SARS-related coronavirus RNA [Presence] in Unspecified specimen by NAA with probe detection
94532-9 SARS-related coronavirus+MERS coronavirus RNA [Presence] in Respiratory specimen by NAA with probe detection